Pokud se chystáte zakoupit větší akvárium (nad 200 l) je vhodné k nim pořídit vnější akvarijní filtr. Tento filtr nejen čistí vodu v akváriu, ale také okysličuje vodu. Tyto filtry mají značnou výhodu ve své výkonnosti. Navíc ušetří místo uvnitř akvária.
Existuje více značek, které nabízejí kvalitní filtry. Mezi nejlepší vnější akvarijní filtry patří filtr AQUA medic marin, filtr TETRA či filtr FLUVAL. Nejčastěji používaným materiálem pro biologickou filtraci patří molitan. Součástí každého filtru je kompletní vybavení. Filtr je nutné jednou za čas vyčistit (nejlépe 1x za měsíc). Jestliže kupujete menší akvárium, je vhodné zakoupit spíše vnitřní akvarijní filtr.